Antes de ser erigida Paróquia São Sebastião, Juatuba era uma comunidade paroquial vinculada à Paróquia Santo Antônio de Mateus Leme. Identificando a necessidade de estabelecer uma nova paróquia, foi instituída em 7 de julho de 1993 a Quase-paróquia de São Sebastião de Juatuba. Em 12 de outubro de 1994, a Paróquia de São Sebastião de Juatuba foi oficialmente estabelecida, tendo o Reverendo Padre Moacir Cândido Rodrigues como seu primeiro pároco. O projeto arquitetônico da matriz foi concebido pelo Padre Moacir, mas, após o seu falecimento, a responsabilidade pela execução recaiu sobre o novo pároco, Frei José Frey. Este construiu a matriz ligeiramente menor do que o projeto original, mantendo viva a visão e o propósito inicial da igreja.